Tiền thân của Khoa Công nghệ Thông tin (CNTT) là Bộ môn Tin học, được thành lập từ đầu những năm 1988, chịu trách nhiệm giảng dạy các môn Tin học cho các chuyên ngành trong toàn Trường.

Tháng 10/2003 Bộ Giáo dục và Đào tạo ra quyết định thành lập Khoa CNTT, Trường Đại học Giao thông vận tải. Tiếp theo đó ngày 21/11/2003 Trường Đại học Giao thông ra quyết định thành lập Khoa CNTT do Phó Giáo sư, Tiến sĩ Phạm Văn Ất làm Trưởng Khoa với cơ cấu 3  bộ môn: Khoa học máy tính (do TS. Trần Văn Dũng làm trưởng bộ môn), Công nghệ phần mềm (do ThS. Phạm Thị Thu Hương làm trưởng bộ môn), Mạng và các Hệ thống thông tin (do ThS. Phạm Thanh Hà làm trưởng bộ môn).

- Từ ngày thành lập đến nay đội ngũ giáo viên của Khoa ngày càng phát triển về số lượng và chất lượng, hiện nay Khoa có 32 giáo viên, trong đó có 1 Phó Giáo sư, 09 Tiến sĩ, 22 thạc sĩ và 06 nghiên cứu sinh đang học tập nghiên cứu ở trong và nước ngoài.

- Sau hơn mười năm thành lập, từ 2003 đến 2015,  Khoa Công nghệ thông tin đã đào tạo được 11 khóa sinh viên với hơn một ngàn kỹ sư ra trường. Đối với sinh viên hệ chính qui từ năm học 2006-2007 Khoa đã tổ chức đào tạo theo bốn chuyên ngành: Công nghệ phần mềm, Hệ thống thông tin, Khoa học máy tính, Mạng máy tính và truyền thông. Mỗi khóa có gần 200 sinh viên các chuyên ngành Công nghệ thông tin.

- Từ năm 2008 đến nay Khoa đã và đang  đào tạo 5 khóa sinh viên Hệ Liên Thông khóa từ khóa 12 đến khóa 16  cung cấp gần 500 kỹ sư CNTT cho thị trường lao động.

- Năm 2013, Khoa được Bộ GD& ĐT cho phép đào tạo cao học Công nghệ thông tin.